Salut, pour l'octave sur laquelle jouer, la convention est que le A à 440Hz (corde de mi 5e case, corde de si 10e case…) est celui qui est noté au premier trait (je ne sais plus s'il y avait un mot précis pour ça) rajouté au dessus de la porté. Soit une octave plus grave qu'un piano jouant en clé de sol.
Sinon pour choisir entre plusieurs notes identiques et sur la même octave, il n'y a pas de règle, ça vient avec l’expérience. Une partition est faite pour indiquer ce qu'il faut jouer, pas comment le jouer. Et c'est là toute la force d'une partition : tu est libre de jouer comme ça t'arranges. Mieux encore, tu peux même jouer une partition de violon à la guitare. Ça a été conçut pour être un langage commun à tout les instruments. Donc tout à fait normal que ça ne prenne pas en compte les spécificités de la guitare.
Sinon quand on a des partitions destinées à la guitare, ce n'est par rare d'avoir des annotations supplémentaires. Pas systématiquement pertinentes d'ailleurs. Faut avoir un peu de recul. Mais c'est largement dispensable. C'est trés pratique pour débuter en revanche.
Sinon, à moins d'avoir une raison particulière de te compliquer la vie, essaye toujours de choisir le doigté qui te permettra le jeu le plus fluide. Il s'agit très souvent du doigté le plus simple (plus c'est simple, plus t'est à l'aise et plus c'est fluide). Mais pas toujours. Pour un jeu en arpège par exemple on préférera utiliser trois cordes frettées plutôt que deux cordes à vide et la troisième note frettée sur une de ces deux cordes de manière à pouvoir avoir les trois notes de l'accord qui résonnent en même temps. C'est un exemple. Il y en a d'autre.
mais à un certain niveau j'imagine qu'on doit être capable de tout jouer n'importe où... en tout cas j'aimerais en être capable

Ça dépend du morceau ça par contre. C'est par rare d'avoir plusieurs choix possibles, mais si on te demande de jouer un sol grave qui n'existe que sur la corde de mi grave et d'autres notes par exemple, tu te doutes que la position des autres notes va être imposée par ce sol grave. Tu dépassera difficilement la 7e case. Donc c'est pas rare non plus d'être obligé d'utiliser une position compliquée pour jouer ce qui est écris.
"La question se pose alors : est-ce que la musique peut avoir pour rôle de déranger, de provoquer ? La réponse, mon petit canard, puisque tu me poses une question un peu pourrie, est simple : La musique t'emmerde, elle a tous les droits et pour le meilleur et le pire, elle peut faire ce qu'elle veut."
Le mange-disque cannibale.